La minería consiste de varias fases, cada una con sus impactos sociales y ambientales. El grado de impacto depende en muchos factores sociales y ecológicos, incluyendo: el tipo de minería, el mineral explotado, las sustancias utilizadas en los procesos de beneficiación, la topografía del área, la geología y la pluviosidad, entre otros. Factores sociales también influyen en los impactos. Por ejemplo, en países donde la ley se respeta y protege adecuadamente a los pobladores y el ambiente, y donde existen bajos índices de corrupción, la minería causa menor impacto en la sociedad y el ambiente.
Existen impactos sociales y ambientales directos generados por la apertura de la minas, sus diferentes fases y todos los aspectos relacionados, como la construcción de carreteras, ruidos, contaminación, etc., e impactos indirectos relacionados a la apertura de áreas boscosas por las nuevas carreteras, cambios de modos de vida, impactos a la seguridad alimenticia, etc.
Uno de los factores más importantes en la generación y control de impactos ambientales es la geología de los yacimientos metálicos. Los metales, cabe señalar, no se encuentran en estado puro, sino normalmente se encuentran mezclado con sustancias muy tóxicas, como el arsénico, y el plomo. Por otra parte, y desgraciadamente, la mayoría de los yacimientos ecuatorianos contiene muy altos de contenidos de azufre, lo cual hace la minería a gran escala mucho más dañina. Esto se debe a la condición denominada drenaje ácido (Acid Mine Drainage), un proceso bien conocido en las grandes minas del mundo y, en especial, en áreas con alta pluviosidad, como los proyectos de Junín en la Cordillera del Toisán, y los de la Cordillera del Cóndor (ver abajo).
Estudiando el mapa mineralógico del Ecuador preocupa sobremanera ver que la mayor parte de los yacimientos minerales - y concesiones mineras - en el Ecuador se encuentran en las estribaciones de los Andes. Estas áreas, que incluyen a millones de hectáreas de bosques nublados y de páramos, juegan un rol crucial en la protección de las cuencas altas y medias de la mayoría de los ríos del país, y proveen de agua bebible a millones de habitantes. Estos bosques también protegen a gran parte de la biodiversidad de la nación (la mayoría de las especies de plantas en el Ecuador se encuentra en las zonas de vida de montaña).
La minería moderna utiliza y contamina enormes cantidades de agua. Para producir una tonelada de cobre, se requiere entre 10.000 y 30.000 litros de este vital recurso. Esta cifra no incluye los millones de galones de agua que tienen que ser evacuados diariamente de la mayoría de las grandes minas debido a la presencia de aguas subterráneas que afloran en las profundidades de las minas a cielo abierto. Mientras más profunda la mina, más probabilidad de encontrarse con la presencia de aguas freáticas. Por otro lado, la afloración del agua dentro de los enormes huecos seca las vertientes alrededor de las minas. Las minas del desierto de Nevada (EE.UU.) bombearon más de 2.000 millones de litros de agua subterránea entre 1986 y 2000, lo que equivale al gasto de agua de toda la ciudad de Nueva York durante un año.
Los yacimientos de cobre de Junín (Cordillera de Toisán) y Cordillera del Cóndor se encuentran en áreas muy ricas en recursos hídricos, los que definitivamente serían contaminados por la minería. Alarmantemente, la Ley de Minería del Ecuador les otorga a las empresas mineras el derecho a usufructuar del agua dentro y fuera de sus concesiones. La mina de Iron Mountain, en California, continúa contaminando el río Sacramento con metales pesados a pesar de haberse cerrado en 1963. Científicos calculan que la mina seguirá contaminado el río por 2.000 años más.
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